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1996年秋天，谢非找到厉有为，通知他：省委决定派他到中央党校参加轮训。这一次是轮训，是学习理论，因此和上一次办反和平演变学习班不一样，厉有为很高兴有“回炉”学习的机会。他说：“我也到了五十九岁了，快够钟了，正好利用这次学习轮训四个月的机会，把自己一生来的工作好好总结总结。”
谢非说：“既然你没有意见，那么还是定了，就你去吧。”
厉有为到中央党校报到后，有老友提醒他说：“像我们这些人到党校来，无非是办三件事，一是休息，二是交友，三是公关；你今年都五十九岁了，要退了，北京很多人都认识你嘛。要想想将来怎么办？”
厉有为笑了笑，对“三件事”的说法并不赞同：“跑官？我没有兴趣，起码没有搞一些理论研究兴趣大。”厉有为在党校图书馆里足足坐了三个月，除了到中南海见过一个人外，再没有出过一次街，找过一个人，最后把血压累得直往上窜。
这期间，厉有为写出了四篇文章。分别涉及了所有制问题、香港回归后有关政策的思考、如何协调发展以解决地区间发展不平衡等问题。
他到中南海找的那个人，就是谢非。作为政治局委员，谢非在北京中南海有住处，但住所显得陈设朴素而简单。两个人主要就厉有为的写作中最重要的篇什《关于所有制若干问题的思考》进行讨论。这篇论文的核心主题，是在党的领导及社会主义制度下如何通过股份制等对公有制进行产权改造，为共同富裕进行制度设计的探讨。
他和谢非都没有想到，这篇文章还未等发表，就招到北京有些理论家的群起讨伐，直至呼吁将厉有为赶下台。
厉有为一个人天天坐在图书馆里又读又写，在党校学员中反而显得有些异类。有人正告他不要做费力不讨好的事：“就是毕业论文也不必较真儿，到时找张报纸抄抄不就过关了吗？”
但厉有为脑袋里的疑问太多，他想的东西并非空对空，都是特区与广东实践过程中已经遇到、正在探索、急于拿出结论的问题。这些事，很多来自内地的官员因为没有共同的兴奋点，当然很难理解他。于是有人就打听他鼓捣了些什么东西，厉有为也没有多想，反正是独立思考的结果，拿出去给人们传阅一下，也算听一听反应。结果，这四篇文章的反应全都够他喝一壶的。
最早出现出乎意料反映的是关于香港回归后有关政策的文章。这篇文章本来是交给班上传阅的，不知怎么的传到了某领导手中。后来还真有领导指示某部门发了一个声明，大意是厉有为写的东西，绝对不能代表中央的观点。
厉有为感到有些可笑。这明明是我写的一些思考性文字，这四篇文章，自己从来没有想到要拿出去发表过；当然人家说得也对，根本不能代表中央的观点。
于是他也懒得理睬，继续他那篇自认为最重要的关于所有制问题的思考。他的想法是这样的：我们国家的所有制模式不符合基本国情，而且与马克思主义理论也对不上号。所有制问题正在束缚生产力的发展，比如人为地实行全民所有的公有制。而公有经济与私有经济更重要的是共存、相互依存和可融合的。私有经济是社会主义经济基础的有机组成部份，要建立一种多数劳动者占有多数生产资料的占有形式……
1996年11月20日，厉有为终于写成了自认为在中共中央党校学习期间最重要的心得：《关于所有制问题的思考》。论文写出来后，厉有为交给中央党校的教师看。教师们看了很兴奋，认为写得好，要拿出来跟大家交流，厉有为同意了。
有的同学看了复印件后，很神秘地将厉有为拉到一边问：“你写这些东西是否有什么背景？”
厉有为莫名其妙：“什么背景？这不是班上要交的作业吗？”
“老厉你这人不说实话。有人都在传了，说江总书记找你谈过话的。是真的吗？”
“我是去过一次中南海，但肯定不是找的江总书记，更没有跟他谈过这篇文章。”
“能否透露一些消息？是不是十五大就是这个精神，要你先写出来透透风？”
“你们想到哪里去了，根本没有这样的事。”
“真的没有背景？”同学的脸色严肃起来：“那我看你写这些东西很危险呀。”这位同学，虽然不认同厉有为的观点，却是个挺厚道的人。他小声说：“这篇东西写得不合时宜。不是你写的吧？”
“当然就是我写的。”
“我劝你一句，以后如果有人再问你，就说是你秘书写的。”
“没有什么大不了的。”厉有为对同学说：“过去闹革命，是提着真脑袋上战场，说没就没了；现在说些真话，顶多是掉了个乌纱帽，我都五十九了我怕谁？就算乌纱帽掉了，也不过是个假脑袋嘛。”
紧接着，很多人听说厉有为写了一篇很具爆炸性的文章，于是纷纷找他索要。厉有为也给他们弄得有些紧张，于是在每一份复印的文章的第一页上写上：“此文仅供参考，不得发表。”文章派发出去后，他还觉得心里没有底儿，就给谢非送去了一份。
很快谢非就有了回音：写得很好，坚决支持。他还邀请厉有为再到他那儿去一趟。两人再次就文章中的主要观点交流了意见。谢非表示坚决支持文章中的立场，态度非常鲜明。在谢非建议下，厉有为又将这篇论文送给了国家体改委领导人李铁映。很快的，李铁映同志也有了回音，他请厉有为到国务院招待所专门就此文章谈了一次话，表示对这篇文章主要观点坚决支持的态度。
厉有为很高兴，刚刚回到中央党校，就见到了正在到处找他的教务长。教务长透露给这个不断制造麻烦的学员一个重要消息：“哎哟，您可是把我找得好苦，留点神儿啊，有人正要开您的批判会哩。”
“批判会？”厉有为听了一愣。
其实厉有为在中央党校早就得了个好人缘的名声。他首先发现了中央党校就餐制度存在的重大缺陷，并郑重地建议加以改善：“你们的份饭制（他写那些理论文章弄得开口必谈制度并用完全经典式语言表述）不合理。预告式订饭制度执行起来难度很大，想吃什么要事先对饭堂打招呼，这将造成预期与现实的重大脱节。到了吃饭的时候，人们往往记不住自己都订了些什么，而在现实中发现了好吃的又不敢要。我的意见是，省部级班是不是可以进行自助餐改革，如果设备供应跟不上，我们深圳可以免费提供。”
从此，中央党校沿袭了数十年的就餐制度发生了重大变革，并将自助餐制度延续至今。厉有为发现，学员宿舍里居然没有电视：“电视肯定是必要的东西，中央党校没钱，深圳可以包了，一个房间一台‘康佳’，谁叫我们是特区呢。”
为何就一篇习作式的论文会挨批判？厉有为一头雾水，问教务长：“他们批我什么东西来着？”
“这个我可说不清楚，好像叫什么‘学习批判会’”
“批判我的都是些什么人？”
“喔哟！那可海了去了，很多人还大有来头呢。”教务长说：“有中国历史唯物主义研究学会、中国辩证唯物主义研究学会、《资本论》研究学会，还有人（民）大（学）的一帮子人，国家计委和辽宁省也来人了。”
“教务长，您能不能帮我一个忙？”
“瞧您这话说的！”
“那么好，请您把他们批判我的材料都给我弄一份来！”
“没问题儿！”
“批厉”的文章很快搞来了。批判的调子之高，堪称改革开放以来对一个党的干部最严厉的指责。“批厉”的文章很快被人打印成册。在社会上广为散发。批判厉有为的话是这样写的：
深圳市委书记厉有为在中央党校一次省部级干部学员研讨会上，作了一篇与中央经济工作会议大唱反调的报告。这篇被广泛散发的报告，决不是一份普通的“学习”体会和“思考”，而是精心准备后抛出的彻底改变我国社会主义改革方向的政治宣言和经济纲领。改革前沿的这位封疆大吏公然要求党的十五大按照他的“思考”从根本上修改党纲、党章，再清楚不过地表明，经过18年的改革，一种得到很大发展的社会经济关系和政治力量，再也不甘于屈居社会主义经济成分的“补充”角色了。他们公开声明，要由他们来改变和掌握中国今后社会演进的走向……可以说，对待这份报告的态度，是当前改革的关键，是检验一个共产党员是否清醒地认识到真假社会主义改革的试金石。一个真正的共产党人，应当自觉地起来与反马克思主义的修正主义浊流作坚决的斗争。
继这篇“批厉雄文”之后，还有更加严重的事情发生。1997年2月10日，北京某学会出的《通讯》刊登了《厉有为意欲何为？———首都理论界人士批评厉有为同志所谓的“一些新认识”》。
根据马立诚《大突破———新中国私营经济风云录》一书的记载，此次“理论研讨会”是1997年1月18日召开的。大约二十多位专家学者参加了这个会议。他们来自中央党校、中国社会科学院、中国人民大学、清华大学和中央民族大学。
《通讯》中的文章说，厉有为的文章“包含有严重的理论错误和极有害的政治主张”，“文中提出的问题关系重大，事关改革开放的正确方向要不要坚持，事关我们党和有中国特色的社会主义事业的前途和命运。加之这些话出自他这样的领导干部之口，并在筹备党的十五大期间散布，因而具有非同寻常的意义，决不能等闲视之”。全文展开的对厉有为的批判，均用“首都理论界人士”或“与会专家学者”命名。批判的要点集中在四个问题上：
第一，厉有为说马克思所说的社会主义是“资本主义之后的社会主义”，而我们搞的“现实的社会主义”是“资本主义之前的社会主义”。厉有为的说法，从根本上否定了现实社会主义制度的历史必然性和优越性。这是厉有为为了毁掉我国的全民所有制，为了搞私有化而编造的理论根据。
第二，厉有为的文章抹杀了当今社会主义国家与资本主义国家在经济基础上的本质区别，宣扬“趋同论”。这是厉有为为了在我国推行私有化而制造的舆论。
第三，厉有为的文章提出了一个多数人占有多数生产资料的私人股份化的方案，这是一个地地道道的私有化方案。这就是要通过搞私有化，化“公”为“私”，来培植和养肥一个新的资产阶级。
第四，厉有为的文章公开要求改变我们党的性质，这在我们党的历史上是罕见的。厉有为所代表的，是那些已经拥有私产和企图拥有大量私产与私人股权的一些人。
与会的专家学者建议并要求：像具有厉有为同志这样的思想和政治素质的共产党员，不够共产党员的条件，更不适宜作为中央候补委员进入党的中央委员会，也不适宜担任任何一级党政组织的重要领导职务。
厉有为细读了批判他的发言材料及文章，感到深受教育，只是对人民大学也参与对他的批判略表不满。这个人民大学，好像总与他过不去，厉有为感到委屈，因为他还是人大的兼职教授呢，不知把他批臭了对人大有什么好处，不光彩嘛。
最不满的地方，是他作为被批判者，当然是站在光天化日之下，而他弄不清批他的材料都出自什么人之口，想找对方商榷一番的机会都没有。
厉有为不怕挨批判：“如果有错误你们可以批评嘛。”可怕的是他直到最后也没闹清一大批对他群起面攻之的理论家、学者与官员姓甚名谁。一些人连家门也不出，只要给某某部门及某某领导打几个电话，要求批判他，结果批判运动就真的开始了。厉有为说：“既然他们如此大义凛然，又为什么行此偷鸡摸狗的勾当？为什么连自己的姓名都不肯让我知道呢？”
事情远没有完，对厉有为的批判会大有深挖根源的势头。有学者在发言时指名道姓的将谢非抠了出来，指广东在所有制问题上制造混乱，要由谢非负领导责任。
厉有为闻言大怒：“一个北京的学者，就可以在公开场合指名道姓的指责一个中央政治局委员？谁给他的这个权力？他有什么背景？这又是什么学风？”
但厉有为有心无力，自身难保，事态正向完全脱离了学术讨论而变成政治打压的方向发展。批判厉有为的材料被整理出来，将厉有为的文章定性为杂音、对中央工作及党的路线的干扰。这些批判材料由某种管道送达中央领导人，甚至送到江泽民总书记手上。
厉有为二进党校，两次都惹出大麻烦。
谢非此时找到厉有为，对他表示一如既往的支持。谢非对厉有为说：“你不要理睬这么多，该怎么干还怎么干！”谢非还说：“我不也被他们点了名吗？真是的，这不过是一个思路，不过是研究问题嘛，又没有拿出去公开发表！”
很快，新华社在未与厉有为打招呼的情况下将他关于所有制问题思考的文章发了出来，用厉有为的话说：“只发了一半，都看不出原样来了。”不久，香港报纸居然搞到了厉有为文章的草稿，把这个半成品发了出来。这样，厉有为与谢非，就不能再以未发表搪塞脱责了。
批判在继续升温。有领导人看了对厉有为的批判材料后，给李铁映及体改委挂了电话，要求他们也组织讨论，实则要求“批判”。批判者对厉有为的文章作出了结论：这是对公有制这一社会主义经济及社会基础的攻击，绝对不是什么独立思考的成果，而是反党反社会主义的政治宣言及经济纲领。
李铁映便亲自主持召开了一场“讨论会”。既是讨论，会上“批厉”的和“挺厉”的都可以发言，对李铁映的做法，厉有为很服气。著名学者胡杰第一个在北京站了出来，为厉有为的文章叫好，公开表态，坚决支持对所有制问题进行探讨的思路。
在泰山压顶的形势下，厉有为给时任中央党校校长的胡锦涛同志写了一封信。大意是对我进行批判或展开讨论都可以，但也要等到我将文章公开发表之后才进行。他们组织批判的对象，不过是我的一次作业而已。此外，还应该允许我进行反批评，否则就是不公平。现在有一些人说我在特区搞的是资本主义的一套，最好就地把我免职，把批判我的人派到深圳去，看看谁的办法行。
此时，广东社科界发出了自己的声音。他们召开专题研讨会，对厉有为的观点表示支持。
胡锦涛收到厉有为的信后，很快以中央党校校长的身份下令，今后凡党校学员在学习过程中撰写的文稿及发表的观点，一律不得组织批判，不得横加指责，此令至今有效。厉有为作为最后一个在中央党校被组织批判的学员和被校长拯救的人物，深深地留在同期学员的记忆中。
然而，对厉有为的批判早就扩大到了校外，而且从批臭他的思想扩大到人事层面。曾参与对厉有为批判的有关协会领导人联名给江总书记写信，提出党内居然容忍如此败类，还派出当上封疆大吏，必须对其进行严肃处理，而且不得在党内担任任何职务。
在1997年4月的一天，厉有为接到“江办”电话，说是江泽民总书记约见。
厉有为知道这事肯定与他在党校的文章有关，只是不知此次见面将有何结果，他什么人也没告诉，一个人直往中南海，晋见总书记。
江泽民在中南海自己的办公室内接见了厉有为。
二人握手时，江泽民说：“你写的关于所有制问题的思考我拜读了。我一向鼓励党的领导干部勇于探索理论问题，而且什么样的观点都可以提，言无不尽嘛。”但江泽民并未正面谈及他对这篇文章的看法及观点。
江泽民向厉有为让座后，自己转到办公台后面，掏出一大叠子材料，说：“你看，这些都是他们给我送来的文章，都是批判你的。我看完后就问他们，怎么没有作者的文章？批判他的文章我都看了，但总得给我看看被批判的人到底是怎么写的吧。但是，”江泽民又弯下腰去在办公台后面掏了一阵，终于掏了出来，“你看，这才是你写的文章，还是我自己想办法找到的。”
厉有为仔细一看，是他的文章的复印件，而且不知复印了多少次了，文稿上的字迹很模糊。
江泽民说：“复印得很不清楚，但我还是都看了。”
厉有为还发现复印的文稿纸上写满了密密麻麻的批注，那是江总书记写的。这下他感兴趣了，很想知道总书记能在他的文章上批了些什么。但终于他还是忍住了，没敢提这个要求。
江泽民说：“有些人要把你拉下马，对这事我还是表个态吧，你还是回去当你的书记，任凭风浪起，稳坐钓鱼台嘛。”厉有为感谢总书记对他的信任。
江泽民点着那篇文稿说：“你在文章里谈到，中国的社会主义是未经历资本主义阶段的社会主义，因此我们现在搞的市场经济就是资本主义的必由阶段，这个提法要商榷，容易给人家抓住辫子嘛。”
厉有为说：“在这一点上会受到攻击，我也预料到了。因此我提出要利用政权的力量来集中精力发展生产力，而不是再搞阶级斗争和政治斗争。”
厉有为向江泽民再次提出修改党章的可能性。他在文章中已经提出这个问题。对此江泽民未做正面答复。他说：“党章在历史上和将来都会不断地修改，从而得到完善和提高。”
两个人又就厉有为文章中提出的要对公有制进行股份化改造的问题进行了探讨。厉有为说：“中国特色的社会主义，将不再沿袭以单一公有制为主体的传统，而是最终建立一个由多数人占有多数生产资料的社会，只有形成了以有产阶级劳动力为主体的社会阶层，无产阶级才能说真正改变了自己的社会地位。”
对他的观点，江泽民未置可否。不久江总书记发表“5.29”讲话，为党的十五大路线定了调子。
